日前,科學(xué)家們試圖運用人工智能來(lái)代替化學(xué)家們的傳統建模方法,以達到更快地破解分子結構的目的。
一種藥物被制造出來(lái),科學(xué)家必須要了解該藥物的活性成分進(jìn)入人體會(huì )如何表現。這就要求科學(xué)家要詳細了解藥物們確切的原子結構,通常采用的方法是磁共振和密度泛函理論相結合的技術(shù)。核磁共振技術(shù)通常用于探測原子之間的磁場(chǎng),并確定相鄰原子之間是如何相互作用的。然而,通過(guò)核磁共振測定完整的晶體結構,需要極其復雜且非常耗時(shí)的量子化學(xué)計算,這對于結構非常復雜的分子而言難度非常大,同時(shí)需要配合密度泛函理論(DFT)技術(shù)來(lái)進(jìn)行計算工作。DFT技術(shù)使用復雜的量子化學(xué)計算來(lái)映射特定區域內的電子密度,這個(gè)過(guò)程中需要進(jìn)行非常大量的計算。
瑞士洛桑聯(lián)邦理工學(xué)院(EPFL)的科學(xué)家們建立了一個(gè)名為ShiftML的機器學(xué)習程序,并利用來(lái)自CambridgeStructuralDatabase的數據對ShiftML進(jìn)行了訓練,其中2000個(gè)化合物結構用于對ShiftML的訓練和驗證,另外500個(gè)用于對其進(jìn)行測試。這個(gè)數據庫中包含數千種化合物計算得出的DFT化學(xué)位移,其中每一個(gè)化合物都由不到200個(gè)原子組成。研究人員表示,即使對于相對簡(jiǎn)單的分子,ShiftML的計算速度也比現有的方法快了將近1萬(wàn)倍。
尤其是面對復雜的化合物,AI測定藥物分子結構的優(yōu)勢會(huì )更加明顯。研究小組希望未來(lái)的ShiftML可以用來(lái)輔助藥物設計工作。“這項研究是非常令人興奮的,因為大幅度加速計算時(shí)間可以讓我們能夠覆蓋更大的構象空間,并準確界定那些以前無(wú)法確定的結構,”研究論文的共同作者之一、EPFL的化學(xué)教授LyndonEmsley博士表示:“ShiftML可以讓現代的大多數復雜藥物分子觸手可及。”
如今,ShiftML已經(jīng)可以開(kāi)源使用,任何人都可以在平臺上上傳分子,并獲得其核磁共振特征。